Program Al-Qur'an ALMUFASI
Program Al-Qur’an ALMUFASI yang berada di bawah arahan ustadz Faris Ulwan Lc., Dipl., bertujuan untuk menjamin kuantitas serta kualitas hafalan santri ALMUFASI.
Setoran Hafalan Ziyadah
Santri diminta memperdengarkan hafalan baru nya kepada muhaffidz untuk dikoreksi dan dikuatkan, target mingguan santri minimal ziyadah 3 halaman.

Setoran murojaah
Dalam program Quran Almufasi ada dua jenis murojaah, murojaah ba’id yaitu mengulang hafalan yang sudah mutqin dan lama dihafal sebanyak minimal 1-2 juz seminggu, dan murojaah qorib yaitu mengulang hafalan yang baru dihafal yaitu setiap selesai 5 halaman ziyadah santri menyetor sekali duduk terlebih dahulu.

Tilawah Pagi Harian
Santri baru almufasi mengisi kegiatan pagi hari nya dengan membaca Al Quran secara berkelompok, 1 kelompok berisi 4-6 orang dengan satu ketua yang bertugas mengoreksi bacaan teman nya yang salah, dan dibawah pengawasan tim itqon yang melakukan kontrol ke setiap kelompok secara merata. Para santri membaca sebanyak masing-masing setengah halaman secara bergantian sampai selesai 1 juz di setiap kelompok.

Rumah Quran Almufasi
Program yang dikhususkan untuk santri eksternal, sebagai bentuk khidmah Almufasi kepada masisir dalam bidang Al Quran.

Setoran pengambilan sanad ke Syeikh Ali Muhammed Sayyid
Santri yang sudah menyelesaikan hafalan Al Qur’an 30 juz dengan muhaffidz diarahkan untuk setoran kepada Syeikh Ali untuk mendapatkan sanad Al Quran.

Tasmi' Bulanan
Setiap bulan santri itqon yang sudah menyelesaikan hafalan Al Qur’an menyetorkan sekali duduk hafalan nya di depan santri lain sebanyak paling sedikit 3 juz.
Begitupula santri yang masih dalam proses menghafal ada tasmi’ yang diadakan tiap syaqqoh
